La acción gira en torno a Sora un niño de 14 años que vive en Las islas del destino junto a sus amigos, Kairi y Riku. Los tres desean salir de esa isla en la que se encuentran, la cual es una prisión para sus sueños de conocimiento y grandeza, construyendo así una balsa. Pero la noche antes del viaje, una tormenta oscurece toda la isla y aparecen unas criaturas llamadas Los sincorazon. Los tres amigos se separan. Cuando Sora encuentra a Riku, quien le da la mano se percata de que Riku está rodeado por una sombra en la cual desaparece. Un monstruo gigante aparece entonces, llamado lado oscuro, Sora no puede luchar contra él y no hay a donde huir, repentinamente una espada aparece en la mano de Sora, la Llave-Espada (Keyblade), una con la cual combatira a todos los Los sincorazon y tratara de abrir la puerta hacia la luz.

La llave-espada es el arma principal, a quien la posea se le llama portador de la llave, sus portadores son Sora, el rey Mickey y por un tiempo Riku, la llave sirve para cerrar las cerraduras de los mundos para que no entren más Sincorazon y para atacar y destruir a los sincorazon, seres creados a partir de la oscuridad del corazon.

Su mundo es entonces engullido por la oscuridad, y Sora despierta en ciudad de paso, un mundo en el que se encuentra con Aerith, Squall Leonhart, que prefiere ser llamado León y Yuffie. Más tarde se encuentra con el Pato Donald y Goofy, los cuales fueron encargados de buscar al dueño de la llave-espada para después reunirse con su rey, Mickey Mouse. Y así empieza una aventura inolvidable a través de mundos basados en películas de Disney y otros de la serie de videojuegos Final Fantasy. A lo largo de su viaje, Sora irá sellando las cerraduras al corazón de los mundos, evitando así la destrucción de éstos. A su vez, Riku, creyendo que Sora no se preocupa por el destino de su amiga Kairi, se aliará con Maléfica, la cual lidera una organización de villanos Disney. El fin de esta organización es capturar a siete doncellas con un corazón puro, las Princesas del Corazón, para abrir la puerta al Reino de los Corazones o Kingdom Hearts, fuente de poder y sabiduría.

Finalmente, Sora y los demás consiguen llegar a Bastion hueco, cuartel general de los malos, en el cual, Sora se enfrenta a Riku, y éste le revela que también es un portador de la llave-espada, arrebatándole a Sora la suya para adueñarse de ella y demostrarle quien es el verdadero "elegido". Sora consigue recuperar la llave-espada al demostrar que su corazón es mucho más fuerte que el de Riku, el cual, derrotado, acepta la oferta de un misterioso encapuchado, el cual le ofrece un gran poder para derrotar a Sora. Riku aparece de nuevo ante Sora y sus amigos, con una llave-espada que abre los corazones, la usa contra Maléfica, que por fin obtiene el verdadero poder de la oscuridad y se transforma así en un terrible dragón.

Sora se enfrenta de nuevo a Riku, solo que esta vez no es verdaderamente él; sino Ansem, el científico que investigó sobre los Sincorazon (lo cual reflejó en unos "Informes de Ansem"), ocupando el cuerpo de Riku. Ansem desea ser parte de lo que él cree la primera fase de la existencia, la oscuridad de la que él cree que está formado el Reino de los Corazones. Kairi resulta ser una de las Princesas de Corazón Puro, y su corazón está unido al de Sora aunque estén separados, porque el corazón de Kairi siempre le perteneció a Sora. Sora, Donald y Goofy derrotan a Ansem en forma de Riku del que obtuvo anteriormente el cuerpo. Para liberar el corazón de Kairi, Sora se clava a sí mismo la llave-espada de Riku, perdiendo su corazón (que es el de Kairi) , pero restaurando así a Kairi y liberando a las otras Princesas del Corazón. De esta forma, el camino al Reino de los Corazones fue abierto.

Ahora Sora, al no tener corazón se transforma en un Sincorazon, que intenta proteger a Kairi, y ésta, reconociendo a su amigo, lo devuelve de la infinita oscuridad y vuelve a ser Sora (en Kingdom Hearts II sabremos que es aquí donde se crea el incorpóreo de Sora, Roxas). Estos huyen de Bastion hueco debido a la cantidad de Sincorazon que surgen de éste. Vuelven más tarde para sellar la cerradura y viajar a El fin del mundo, donde está el Reino de los Corazones y tiene lugar la batalla final contra Ansem.

Cuando la luz de la que está hecha el Reino de los Corazones derrota a Ansem, la puerta amenaza con soltar a millones y millones de Sincorazon en el universo. Sora, Donald y Goofy intentan cerrar la puerta, pero su fuerza no es suficiente. Riku, que ha recuperado su cuerpo, les ayuda a cerrarla por el otro lado, pero él y el Rey Mickey se quedan dentro. Mickey y Sora combinan sus llaves-espadas para cerrar la puerta del Reino de los Corazones. Antes de cerrarse la puerta, Riku le pide a Sora que cuide de Kairi. El reencuentro de Kairi y Sora es muy corto, ya que son separados por la reconstrucción de las Islas del destino. Sora le promete a Kairi que regresará con ella y se marcha con Donald y Goofy a buscar a Riku y al rey Mickey y llegarán al Castle Oblivion, donde la historia continúa en el videojuego Kingdom Hearts: Chain of Memories.